Los halófitos tienen una importancia significativa para la desalinización del suelo y la co-cultivación en los sistemas agrícolas. Un impedimento importante para su uso es la estandarización de su rendimiento, ya que los halófitos son principalmente plantas silvestres, además de la necesidad de un suministro constante de las especies más adecuadas. En este trabajo, utilizando clones altamente tolerantes a la sal obtenidos previamente mediante micropropagación in vitro y selección, comparamos las respuestas fisiológicas y bioquímicas de estos clones y sus contrapartes silvestres a altos niveles de salinidad (428 mM NaCl) en condiciones de invernadero. Los clones derivados in vitro mostraron una producción de biomasa superior (27%) y una mayor concentración de cloruros en el brote (28%), en comparación con las plantas silvestres. Por otro lado, los especímenes silvestres mostraron más síntomas de estrés y una fotosíntesis menos eficiente, lo que se correlacionó con niveles más altos de estrés oxidativo y con una notable inducción de la actividad de peroxidasa. Por lo tanto, se concluye que hay una mayor incidencia de estrés oxidativo relacionado con la salinidad en los halófitos silvestres en comparación con los clones. Esta representa la primera evaluación ex vitro de clones de halófitos seleccionados mediante micropropagación y proporciona información sobre los mecanismos de tolerancia a la salinidad.