El cambio climático en curso está amenazando la supervivencia de especies de árboles sensibles a la sequía, como el abeto plateado. La muerte inducida por sequía se había explorado previamente en este conífera, aunque el papel desempeñado por la diversidad genética a nivel de árbol y su relación con los patrones de crecimiento y las condiciones del micrositio del suelo seguía siendo elusivo. Utilizamos la secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción de doble digestión (ddRADseq) para describir diferentes características genéticas de cinco bosques de abeto plateado en los Pirineos españoles, incluyendo árboles en declive y no en declive. Se utilizaron polimorfismos de nucleótido único (SNPs) para investigar las relaciones entre genética, muerte regresiva, variación de rasgos intraespecíficos (rasgos dendrofeno-típicos funcionales y rasgos foliares), condiciones bioclimáticas locales y propiedades del suelo en la rizosfera. Aunque no hubo diferencias genéticas notables entre los árboles en declive y los no en declive, las asociaciones genoma-ambiente con firmas de selección fueron abundantes, lo que sugiere una fuerte influencia del clima, las propiedades fisicoquímicas del suelo y la diversidad microbiana del suelo en la adaptación local. Estos resultados proporcionan nuevas perspectivas sobre cómo la genética y diversos factores ambientales están interrelacionados y destacan la necesidad de incorporar datos genéticos en los estudios de muerte regresiva del bosque de abeto plateado para obtener una mejor comprensión de la adaptación local.