En el presente estudio, se evaluaron retrospectivamente las características histológicas de los carcinomas de células escamosas (CCE) y los carcinomas de células basales (CCB) obtenidos de 22 especies de escamosos y 13 especies de quelonios. Mientras que los tejidos examinados fueron diagnosticados originalmente como 28 CCE y 7 CCB basados en la evaluación histológica por un servicio de diagnóstico especializado, ocho CCE pudieron ser reclasificados como CCB y tres CCE resultaron ser lesiones no neoplásicas. Además, todos los CCE y CCB fueron clasificados en variantes histológicas distintas. Los CCE pudieron ser categorizados como un CCE in situ, tres CCE moderadamente diferenciados, siete CCE bien diferenciados y seis queratoacantomas. Los CCB fueron clasificados como cinco CCB sólidos, cuatro CCB infiltrantes, cinco CCB queratósicos y un carcinoma basocelular escamoso. Además, el presente estudio informa la ocurrencia de CCB en siete especies de reptiles por primera vez. A diferencia de lo que se ha documentado en humanos, la tinción IHQ con el antígeno de membrana epitelial disponible comercialmente y el clon de antígeno epitelial Ber-EP4 no permite diferenciar los CCE de los CCB en reptiles, mientras que la tinción de ciclooxigenasa-2 y E-cadherina parecen tener potencial discriminatorio. Aunque las características patológicas macroscópicas de los CCE y CCB examinados eran altamente similares, cada tumor pudo ser asignado inequívocamente a una variante histológica distinta de acuerdo con las características histológicas observadas. Basado en los resultados de este estudio, se propone una clasificación histopatológica para los CCE y CCB, permitiendo la identificación y diferenciación precisa de los CCE y CCB y sus variantes histológicas en las especies de reptiles examinadas. Presumiblemente, los CCB están severamente subdiagnosticados en escamosos y quelonios.