El manejo y almacenamiento de muestras son pasos críticos para la medición confiable de biomoléculas circulantes en fluidos biológicos. Este estudio evalúa cómo las mediciones de citoquinas en plasma seminal porcina (SP) varían dependiendo del manejo del semen y el almacenamiento de SP. Se midieron trece citoquinas (GM-CSF, IFN, IL-1alpha, IL-1beta, IL-1ra, IL-2, IL-4, IL-6, IL-8, IL-10, IL-12, IL-18 y TNFalpha) utilizando la tecnología Luminex xMAP en muestras individuales de plasma seminal (SP) (n = 62) de verracos reproductores sanos. Tres experimentos separados exploraron el retraso (2 h y 24 h) en la recolección de SP después de la eyaculación (Experimento 1) y el almacenamiento de SP, ya sea a corto plazo (5 gradosC, -20 gradosC y -80 gradosC durante 72 h, Experimento 2) o a largo plazo (a -20 gradosC y -80 gradosC durante dos meses, Experimento 3), antes del análisis. Los niveles en muestras de SP frescas se utilizaron como valores de control base. Los retrasos en la recolección de SP de hasta 24 h no impactaron sustancialmente las mediciones de citoquinas en SP. Algunas citoquinas mostraron inestabilidad en muestras de SP almacenadas, principalmente en almacenamiento a largo plazo. Idealmente, las citoquinas en SP porcina deberían medirse en muestras frescas recolectadas dentro de las 24 h después de la eyaculación. Si el almacenamiento de SP es imperativo, las condiciones de almacenamiento deben ajustarse para cada citoquina.