El descubrimiento de la translocación Robertsoniana (rob) que involucra los cromosomas 1 y 29 de ganado y la demostración de sus efectos perjudiciales en la fertilidad centraron el interés de muchos grupos científicos en el uso de técnicas de bandeo cromosómico para revelar anomalías cromosómicas y verificar sus efectos en la fertilidad de los animales domésticos. Al mismo tiempo, se encontraron útiles los estudios de bandeo comparativo entre varias especies de animales domésticos o salvajes para delinear la evolución cromosómica entre especies. La llegada de la citogenética molecular, particularmente el uso de la hibridación fluorescente in situ (FISH), ha permitido una investigación más profunda de los cromosomas de los animales domésticos a través de: (a) el mapeo físico de secuencias específicas de ADN en regiones cromosómicas; (b) el uso de marcadores cromosómicos específicos para la identificación de los cromosomas o regiones cromosómicas involucradas en anomalías cromosómicas, especialmente cuando se producen patrones de bandeo deficientes; (c) un mejor anclaje de mapas híbridos de radiación y mapas genéticos a regiones cromosómicas específicas; (d) mejores comparaciones de especies relacionadas y no relacionadas mediante mapeo FISH comparativo y/o técnicas Zoo-FISH; (e) el estudio de la segregación meiótica, especialmente mediante sperm-FISH, en algunas anomalías cromosómicas; (f) una mejor demostración de secuencias de ADN conservadas o perdidas en anomalías cromosómicas; (g) el uso de reconstrucciones informáticas y genómicas, además de arreglos CGH, para predecir regiones cromosómicas conservadas o perdidas en especies relacionadas; y (h) el estudio de algunas anomalías cromosómicas y la estabilidad genómica utilizando aplicaciones de PCR. Esta revisión resume las aplicaciones más importantes de la citogenética molecular en bóvidos domésticos, con énfasis en las aplicaciones de mapeo FISH.