La utilización de agua de riego contaminada con antibióticos puede afectar potencialmente el crecimiento y la producción de metabolitos en los cultivos. Por lo tanto, se evaluó el efecto de la Ciprofloxacina (CIP) en el agua de riego sobre las características morfológicas y el contenido de polifenoles en la variedad Pasakalla de quinua. Las semillas de quinua fueron sembradas e irrigadas dos veces por semana con diferentes dosis de CIP (1, 10 y 100 ug/L). La planta fue dividida en raíces, hojas, panículas y grano para medir sus características morfológicas y propiedades antioxidantes (contenido total de polifenoles, capacidad antioxidante y perfil polifenólico). La longitud de la raíz y la biomasa de la planta no se vieron afectadas por la dosis de CIP durante la madurez fisiológica. Por el contrario, el crecimiento de la planta se redujo en un 16% cuando se utilizó 10 ug/L de CIP. Por otro lado, la presencia de altas concentraciones de CIP (100 ug/L) mejoró la biosíntesis de polifenoles y la capacidad antioxidante en un 52 y 59% respectivamente en comparación con el control. El perfil de polifenoles muestra que el ácido vanílico y las procianidinas A2 y B2 aumentaron significativamente. Por lo tanto, el uso de CIP podría promover una mayor actividad enzimática para producir polifenoles específicos con el fin de inhibir la presencia de ROS. Finalmente, bajo condiciones controladas por CIP, la producción de polifenoles podría mejorarse sin alterar el crecimiento esperado de la planta.