El presente estudio ha llevado a cabo una minirrevisión de los estudios ecotoxicológicos que utilizan microeucariotas ciliados, presentando una breve historia, describiendo la situación actual y señalando las lagunas en sus enfoques metodológicos. Destacamos de forma clara y objetiva la importancia ecológica de los ciliados para los ecosistemas, su utilidad y las características inherentes que los clasifican como un buen organismo modelo. Por último, analizamos algunas herramientas modernas que pueden añadirse a los estudios con ciliados en un futuro próximo.