Los sistemas de sistemas a menudo se caracterizan como sistemas en los que las partes constituyentes tienen cierta independencia del todo. Investigaciones recientes han buscado aclarar con más detalle lo que significa esta independencia. Se ha demostrado que la independencia requiere que los sistemas constituyentes sean agentes que observan el sistema de sistemas desde dentro y construyen modelos internos de este como base para la toma de decisiones. Esta visión de los observadores como partes del sistema de sistemas paralela el desarrollo en el campo de la cibernética de segundo orden hace varias décadas, sin embargo, la conexión entre ese campo y los sistemas de sistemas no se ha explorado previamente. Por lo tanto, este artículo resume conceptos clave de la cibernética de segundo orden, incluido el subtópico de autopoiesis. Luego discute cuáles son las implicaciones en la ingeniería de sistemas de sistemas a través de la identificación de 17 preocupaciones. Estas preocupaciones se relacionan con la topología física, el comportamiento y el control del sistema de sistemas. Este artículo muestra cómo estas preocupaciones se relacionan directamente con los conceptos teóricos de la cibernética de segundo orden y la autopoiesis, y, por lo tanto, abre la puerta a una mayor explotación de esta base teórica.