Las floraciones de cianobacterias son frecuentes en el noreste de Brasil y constituyen un grave problema de salud pública. Mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), se utilizaron once muestras ambientales con cianobacterias de siete reservorios para determinar la presencia del gen implicado en la biosíntesis de microcistina (mcyB). Se diseñaron dos conjuntos de cebadores oligonucleotídicos a partir de la secuenciación de poblaciones brasileñas de cianobacterias productoras de microcistina (mcyB-F/R y mcyB-F/R-A). Se detectó la presencia del gen mcyB, implicado en la biosíntesis de microcistina, en todas las muestras, lo que indica el potencial de este gen para producir la toxina. El método de PCR demostró ser sensible y adecuado para la detección de posibles productores de microcistinas en muestras ambientales. Su capacidad para identificar cianobacterias potencialmente tóxicas demuestra que puede ser una herramienta valiosa en el monitoreo de floraciones.