Esta investigación tuvo como objetivo revelar la composición química de diferentes fracciones obtenidas mediante extracción secuencial de las raíces de equinácea púrpura y evaluar la actividad antimicrobiana de algunas de ellas. Se utilizaron hexano, cloroformo, acetato de etilo y agua como disolventes para obtener los extractos correspondientes. Se empleó un análisis de GC-MS para revelar la composición química de las fracciones de hexano, cloroformo y acetato de etilo. Se realizó una extracción de agua convencional y asistida por ultrasonido para aislar polisacáridos tipo inulina. Se utilizaron dieciocho microorganismos para probar la actividad antimicrobiana de los extractos orgánicos obtenidos. A partir del análisis de GC-MS se detectaron más de cuarenta compuestos en las fracciones, incluidos ácidos grasos, ácidos orgánicos, alcoholes grasos, esteroles y terpenos. Solo en el extracto de acetato de etilo se encontraron manitol e isómeros de fructosa, mientras que en el extracto de cloroformo se detectaron - y -amirin, y betulina. La fracción de acetato de etilo demostró la mayor actividad antimicrobiana contra 11 microorganismos. Las fracciones de polisacáridos fueron caracterizadas estructuralmente mediante estudios de FT-IR y NMR como inulina lineal con unidades de Fru unidas por -(21) y una unidad de T-Glc unida por -(12). La inulina de las raíces de equinácea mostró baja fluidez, una densidad a granel y densidad apilada prometedoras, propiedades de hinchamiento y mejor capacidad de retención de aceite que de retención de agua. Este estudio demostró el potencial de las fracciones de raíz de equinácea como una rica fuente de fitoquímicos con actividades antimicrobianas y potencial actividad prebiótica debido al contenido de inulina (15% de rendimiento) y la raíz de equinácea como un cultivo/material industrial biobasado útil.