El estrés por salinidad es uno de los problemas más importantes en la productividad de los cultivos. Las bacterias promotoras del crecimiento vegetal (PGPB) también pueden conferir tolerancia al estrés en las plantas bajo condiciones de suelo salino. En un trabajo anterior, se informó que cepas de bacterias aisladas de sitios hipersalinos mitigaron el estrés salino en plantas de chile (var. Caballero) y promovieron el crecimiento de las plantas en algunos casos. El objetivo de este estudio fue evaluar la modulación de la expresión génica en plantas por cepas de bacterias aisladas de ambientes salinos. Se utilizaron dos cepas de bacterias de estanques de alta salinidad en Guerrero Negro, BCS, México (cepa sp. 32 y cepa sp. 155) y Cd (DSM 1843). Se observó una mejora significativa en el rendimiento de peso fresco (tallo (28%), raíz (128.9%) y hojas (20%)) en plantas inoculadas con la cepa sp. 32. El análisis de qPCR mostró que ambas cepas modularon la expresión de genes responsables de la respuesta al estrés, así como factores de choque térmico y genes de proteínas. Finalmente, los niveles de expresión de genes relacionados con el estrés salino temprano y la ISR mostraron diferencias en plantas con tratamiento dual (inoculadas con bacterias y estresadas por sal) en comparación con plantas con estrés salino simple. Este trabajo confirmó la modificación diferencial de los niveles de transcripción de genes observados en plantas inoculadas con bacterias bajo estrés por salinidad.