Los puntos críticos de biodiversidad (BH) cubren una pequeña fracción de la superficie de la Tierra, pero albergan numerosos endemismos. La pérdida de biodiversidad inducida por el ser humano ha ido en aumento en todo el mundo, a pesar de los intentos por detener la crisis de extinción. Por lo tanto, existe una necesidad urgente de asignar de manera eficiente los fondos de conservación disponibles en un esquema de priorización de conservación optimizado. Identificar los BH y los centros de endemismo (EC) es, por lo tanto, una herramienta valiosa en la priorización y planificación de la conservación. A pesar de que Grecia es uno de los países europeos más ricos en especies de plantas, pocos estudios han abordado la identificación de BH o EC y ninguno ha incorporado información filogenética o se ha extendido a la escala nacional. En consecuencia, no somos conscientes de la medida en que las Áreas Especiales de Conservación (SAC) de la red Natura 2000 protegen de manera eficiente la diversidad de plantas griegas. Aquí, localizamos por primera vez a escala nacional y en un marco filogenético, las áreas que sirven como BH y EC, y evaluamos la efectividad de las SAC griegas en su salvaguarda. Los BH y EC se encuentran principalmente cerca de áreas montañosas y en áreas supuestamente empobrecidas florísticamente, como las islas del Egeo central. Puede ser necesaria una reevaluación crítica de las SAC griegas para minimizar el riesgo de extinción de los endemismos griegos, enfocando los esfuerzos de conservación también en los BH y EC que quedan fuera de las SAC griegas establecidas.