El endometrio es una fuente accesible de células madre mesenquimales. La mayoría de las investigaciones sobre las células madre mesenquimales endometriales (eMSC) se han realizado en humanos. En animales, especialmente en ganado, la investigación de eMSC es escasa. Dichas células se han descrito en el endometrio bovino, ovino, caprino, porcino y equino. Aquí proporcionamos el estado del arte de las eMSC en animales de granja con un enfoque en la especie bovina. En bovinos, se han identificado eMSC durante las fases del ciclo estral, durante las cuales su funcionalidad y la presencia de marcadores específicos de eMSC han mostrado cambios. Además, la inflamación posparto relacionada con la endometritis afecta la presencia y funcionalidad de las eMSC, y la prostaglandina E (PGE) puede ser el mediador de tales cambios. Demostramos que la exposición a PGE in vitro modifica el perfil transcriptómico de las eMSC, mostrando su papel potencial en el destino de la activación de las células madre, la migración y el alojamiento durante la inflamación uterina patológica en la endometritis y en el endometrio puerperal sano. La investigación en animales de granja sobre eMSC puede ser de gran valor en la investigación traslacional para ciertas patologías uterinas y para la inmunomodulación de las respuestas locales a patógenos, hormonas y otras sustancias. Se necesitan más investigaciones en áreas como la ubicación in vivo de los nichos y sus propiedades inmunomoduladoras y antiinfecciosas.