Los carotenoides son un componente dietético importante. Diferentes fuentes de carotenoides difieren en estructura y función, y todos tienen beneficios potenciales. Sin embargo, los efectos de los carotenoides C50 producidos por arqueas halófilas sobre la calidad del huevo de las aves de corral y la microbiota intestinal siguen sin explorarse. En este estudio, se aisló la especie de arquea productora de carotenoides TRM89021 de la meseta de Pamir. Alimentar a las gallinas Hotan Black con dietas que contenían carotenoides adicionales mejoró la rojez de la cáscara del huevo y los niveles de antioxidantes en la yema. Aunque no se observó un cambio significativo en la diversidad de la microbiota cecal, esta fue más dominante en el grupo de tratamiento. Un aumento en la microbiota intestinal de las gallinas puede llevar a una digestión más efectiva de los alimentos, una mejor absorción de nutrientes y el mantenimiento de la salud intestinal. Esto sugiere que los carotenoides de arqueas halófilas pueden ser utilizados como aditivos naturales en la alimentación para mejorar la calidad del huevo y modular la microbiota intestinal en las aves de corral. Este estudio proporciona un método novedoso para añadir carotenoides a las dietas de las aves de corral y una base teórica para su aplicación.