Las floras en las montañas más altas del este tropical de África se encuentran entre las más únicas del mundo. A pesar de la excepcionalmente alta concentración de especies endémicas, estas floras siguen siendo poco estudiadas desde un punto de vista evolutivo. En este estudio, nos centramos en el grupo (subtribu Carduinae) para desentrañar las relaciones evolutivas de las especies endémicas de las floras afromontanas y afroalpinas tropicales, con el objetivo de mejorar la sistemática del grupo. Aplicamos el enfoque Hyb-Seq utilizando el conjunto de sondas Compositae1061 en 190 muestras (159 especies), abarcando representantes de todos los géneros de Carduinae. Utilizamos dos pipelines recientemente desarrollados que permitieron el procesamiento de lecturas de secuencias en bruto, la identificación de secuencias paralogas y la segregación en alineamientos ortólogos. Después de la implementación de un filtro de datos faltantes, retuvimos secuencias de 986 loci nucleares y 177 regiones plastidiales. Se llevaron a cabo análisis filogenómicos utilizando métodos tanto de concatenación como de coalescencia resumida. Las filogenias resultantes fueron altamente resueltas y revelaron tres linajes evolutivos distintos que consisten en las especies africanas tradicionalmente referidas como y . En consecuencia, proponemos los tres nuevos géneros , y ; este último no pertenecía notablemente al grupo - . Detectamos algunas incongruencias entre las filogenias basadas en concatenación frente a coalescencia y en conjuntos de datos nucleares frente a plastidiales, probablemente atribuibles a un orden de linaje incompleto y/o hibridación.