Los carcinomas de células escamosas genitales equinas (egSCCs) se encuentran entre los tumores equinos más comunes después de los sarcoides, afectando gravemente la salud y el bienestar animal. La infección por el papillomavirus tipo 2 (EcPV2) a menudo está relacionada con estos tumores. El objetivo de este estudio fue aclarar los mecanismos moleculares detrás de los egSCCs asociados con la infección por EcPV2, investigando la señalización del ligando del activador del receptor del factor nuclear kappa B (RANKL) en la vía NF-kB, junto con las vías de señalización Wnt e IL17. Analizamos la respuesta inmune innata a través de la evaluación de la expresión génica de citoquinas clave y factores de transcripción. Además, se evaluó el índice Ki67 mediante inmunohistoquímica. Se verificó el ADN de EcPV2, y se confirmó la presencia viral en 21 de 23 casos positivos (91%). La expresión de oncogenes se confirmó en 14 casos (60.8%) y en 8 (34.7%). El factor nuclear kappa-ligante de la cadena ligera de células B activadas (RANKL), la interleucina y otros factores mostraron una regulación significativa al alza en las muestras tumorales en comparación con los tejidos sanos. Nuestros resultados describen un entorno inflamatorio caracterizado por la activación de RANKL/RANK e IL17 con las vías descendentes relativas, y una modulación positiva de los genes de citoquinas inflamatorias. Además, el aumento de la expresión génica sugiere una activación de las vías de señalización Wnt canónica y no canónica que podría ser crítica para la carcinogénesis y la progresión tumoral.