En un estudio de campo de dos años, cuantificamos el impacto del encharcamiento del suelo después de la floración en la asimilación de carbono y la formación del rendimiento de grano en cultivos de trigo. En la antesis, las variedades de trigo YangMai 18 (YM18) y YanNong 19 (YN19) fueron sometidas a encharcamiento durante diferentes duraciones, es decir, 0 (W0), 3 (W3), 6 (W6) y 9 (W9) días utilizando estructuras artificiales. Los cambios en la fisiología de las hojas, la asimilación de carbono y la producción de biomasa fueron cuantificados a los 0, 7, 14 y 21 días después de la antesis bajo todos los tratamientos. El encharcamiento a corto plazo (W3) no tuvo un efecto significativo en los cultivos de trigo, pero W6 y W9 redujeron significativamente la tasa fotosintética neta (Pn), el valor SPAD de las hojas y el peso del grano de las variedades probadas. El aumento de la duración del encharcamiento aumentó significativamente la acumulación de materia seca en el eje de la espiga + glumas pero redujo la acumulación de materia seca en el grano. Además, las variedades probadas respondieron de manera significativamente variable a W6 y W9. Promediando dos años, YM 18 tuvo un rendimiento relativamente superior a YN19 en respuesta al encharcamiento a largo plazo. Por ejemplo, a los 14 días después de la antesis, las plantas W9 de YM18 y YN19 experimentaron una reducción del 17,4% y 23,2% en el valor SPAD y del 25,3% y 30,8% en Pn, respectivamente, en comparación con sus plantas W0. En consecuencia, YM18 sufrió una pérdida de rendimiento de grano relativamente menor (es decir, 16,0%) que YN19 (23,4%) bajo W9. Nuestro estudio sugiere que la variedad de trigo YM18 podría proteger el desarrollo del grano del daño por encharcamiento al mantener el suministro de asimilados al grano en entornos encharcados.