Aunque hay una rica colección de germoplasma de maíz de Italia, carece de recursos genéticos de la Valle de Aosta, una región montañosa aislada donde se han preservado variedades locales en ausencia de introducciones modernas de germoplasma. Estos materiales locales, que todavía se cultivan principalmente a nivel doméstico, pueden tener una gran importancia desde el punto de vista genético e histórico. En el presente estudio, se muestrearon cinco variedades locales nombradas, según los sitios de recolección, Arnad, Arnad-Crest, Châtillon, Entrebin y Perloz, en la Valle de Aosta y se sometieron a caracterización histórica, morfológica y genética. Este estudio proporcionó evidencia de la larga presencia de las variedades locales en la Valle de Aosta, una significativa variabilidad genética y diferenciación entre las variedades investigadas. En total, se detectaron 67 alelos diferentes que varían de 4 para marcadores y hasta 10 para otros, con un promedio de 6.7 alelos por locus. Los niveles de heterocigosidad observada oscilaron entre 0.16 y 0.51 y son generalmente más bajos que la heterocigosidad esperada, lo que apoya la fijación en algunos loci. El análisis de STRUCTURE reveló una clara separación entre los accesos, revelando la presencia de cuatro poblaciones ancestrales. Esto puede explicarse por el largo aislamiento reproductivo que han experimentado estos materiales. Finalmente, las observaciones morfológicas confirman la alta diversidad entre las variedades locales, revelando que generalmente tienen granos de maíz duros, con un color variable que va del amarillo al rojo oscuro (Châtillon), mientras que Perloz mostró granos con un pico apical. El presente trabajo confirma la importancia de las áreas montañosas en la conservación de la biodiversidad y aumenta el rico germoplasma de maíz italiano con materiales bien adaptados a áreas marginales. Esta nueva variabilidad genética puede ser utilizada para criar nuevos materiales para una agricultura más resiliente.