G. Don es una planta medicinal mediterránea con un gran potencial en los campos de la cosmética, la culinaria y la farmacéutica debido a sus compuestos bioactivos únicos. Su reciente introducción en agroecosistemas ha mejorado la explotación de la diversidad genética en poblaciones naturales, aunque los marcadores moleculares limitados han hecho que esto sea un desafío. En el presente estudio, se diseñaron cebadores para los 43 SSRs (72.1% de repeticiones de mononucleótidos, 21% de dinucleótidos y 6.9% de trinucleótidos) identificados en el genoma del cloroplasto. Se analizaron poblaciones de Cabo Kamenjak (Croacia) y Córcega (Francia) con diez marcadores cpSSR cuidadosamente seleccionados. Del conjunto inicial de 16 cpSSRs amplificados en todas las muestras, se eliminaron 6 marcadores cpSSR debido a polimorfismos de baja longitud, homoplasia de tamaño y polimorfismos de nucleótidos que no pudieron ser detectados con la longitud del alelo. De los 38 haplotipos detectados, 32 eran únicos para su origen geográfico. El mayor número de haplotipos privados se observó en la población de Cabo Kamenjak (siete de los nueve detectados). Basado en análisis de agrupamiento, la población de Kamenjak fue la más similar a la población de Capo Pertusato (sur de Córcega), aunque solo se compartió un sub-haplotipo. Otras poblaciones corsas eran más similares entre sí. Se realizó con éxito una prueba de transferibilidad entre especies con Guss. y (L.) Moench y se identificaron alelos privados.