Se utilizó un chip de trigo 660K para genotipificar dos líneas de translocación de trigo- 6V#4S.6DL y 6V#2S.6AL (A303 y B303) y su progenitor recurrente de trigo común Wan7107. Los resultados mostraron que estas tres líneas tienen características similares de composición base excepto por los cromosomas de translocación. Los cromosomas de translocación alienígenas tienen menos genotipos homocigotos y más heterocigotos con más sondas inválidas. Las distribuciones de SNPs entre las líneas de translocación y Wan7107 estaban principalmente densas en las regiones de 6AS o 6DS como se esperaba, pero inesperadamente también cerca del telómero de 2BS, y algunas regiones de otros cromosomas de trigo. Mientras tanto, las líneas de translocación A303 y B303 tienen genotipos idénticos al 99,44% y 98,81% a Wan7107, respectivamente. Bajo el mismo fondo genético, A303 y B303 mostraron diferentes reacciones a () cepas de oídio. Ambas líneas de translocación tienen mayor peso de grano y altura de planta, y B303 tiene menos espiguillas en comparación con Wan7107. Estos resultados nos brindan una nueva perspectiva sobre la variación genómica entre la planta de generación retrocruzada y el progenitor recurrente, lo cual es información valiosa para entender la relación entre el trigo y el cromosoma 6VS, así como el potencial de aplicación de los brazos cromosómicos alienígenas.