La productividad del maíz en el cinturón central juega un papel significativo en la seguridad alimentaria de China. Con una buena adaptabilidad y resistencia a enfermedades, el germoplasma de las variedades locales es importante para la mejora del maíz. Un total de 246 accesiones de variedades locales fueron recolectadas de los cinturones de maíz en el centro de China y genotipadas con el método SLAF-seq (Secuenciación de Fragmentos Amplificados de Locus Específico), y se obtuvieron 144,650 SNP para cada acceso. Los resultados mostraron que las accesiones de variedades locales podían dividirse en tres grupos principales. En los resultados del agrupamiento, el Grupo I incluyó 64 accesiones, que principalmente pertenecían a la variedad de dientes de caballo blanco; el Grupo II tenía 71 accesiones, que principalmente pertenecían a las variedades locales de color rojo linterna; el resto de las 116 accesiones se agruparon como Grupo III, incluyendo una variedad de tipos de variedades locales y siete líneas endogámicas indicadoras. En los resultados de estructura y escalamiento multidimensional, la atribución de las accesiones difería con los grupos, la razón principal de esto es el cambio de atribución en los germoplasmas intermedios. La distancia de desequilibrio de ligamiento decayó a 0.98 kb, que fue mucho menor que la de las líneas endogámicas de maíz templado y tropical, lo que indicaba una diversidad genética mucho mayor de los germoplasmas de variedades locales. Los resultados pueden ayudarnos a seleccionar germoplasmas de variedades locales adecuados y acelerar el proceso de desarrollo de líneas endogámicas y mejora del maíz.