Las variedades locales de berenjena se encuentran en muchas islas habitadas de Grecia. Debido a la particularidad del entorno y al aislamiento del continente, las islas griegas representan un laboratorio natural para comparar la diversidad de las variedades locales de las islas con las del continente griego. Una colección de 36 variedades locales de berenjena griega y cultivares tradicionales del continente y las islas ha sido caracterizada fenotípica y genéticamente utilizando 22 descriptores morfológicos y 5 marcadores SSR. También se determinó la composición mineral (K, Mg, Cu, Fe, Mn, Zn) de los frutos. Los objetivos de este estudio incluyen la caracterización multinivel de las variedades locales de berenjena y la comparación de la diversidad entre accesiones del continente griego y las islas. La caracterización de las variedades locales de berenjena contribuirá al fortalecimiento y prevención de la erosión genética en este grupo local y proporcionará un recurso para investigaciones y mejoramiento futuro. El análisis de PCA de los rasgos morfológicos explicó el 45,4% de la varianza total revelando la formación de dos grupos, uno con la mayoría de las accesiones de las islas, y otro con la mayoría de las del continente. Los marcadores SSR utilizados mostraron valores promedio altos para el número de alelos/locus (4,6), heterocigosidad esperada (0,60) y PIC (0,55), mientras que la heterocigosidad observada fue baja (0,13). Tanto el análisis de STRUCTURE como el de PCoA basados en datos SSR revelaron dos grupos genéticos, uno compuesto principalmente por las accesiones del continente, mientras que el otro estaba principalmente compuesto por las accesiones de las islas. Aunque hubo una considerable variación entre las variedades en la concentración de minerales estudiados, solo la concentración promedio de Mg fue significativamente diferente entre las accesiones del continente y las islas. Según nuestros datos, las variedades locales de berenjena griega presentan una considerable diversidad morfológica y genética con algunas firmas de diferenciación entre las accesiones de las islas y del continente. Nuestros resultados tienen implicaciones para la conservación de las variedades locales de Grecia y sugieren que Grecia podría considerarse como parte de un centro secundario de diversidad para la berenjena en la cuenca mediterránea.