Con una estrecha semejanza patogenética con la diabetes humana, la diabetes mellitus canina, una enfermedad metabólica crónica que presenta niveles anormalmente altos de azúcar en la sangre, está aumentando en prevalencia en todo el mundo. A diferencia de los humanos, el control glucémico en los caninos requiere inyecciones de insulina de por vida y control dietético en la mayoría de los casos, lo que pone en peligro la calidad de vida de los perros diabéticos y aumenta la dificultad del control de la enfermedad. Si bien muchos estudios de investigación se han centrado en elucidar la relación entre el microbioma intestinal canino y las enfermedades, actualmente no hay investigaciones sobre el tema de la diabetes mellitus en perros. Hipotetizamos que el microbioma intestinal de los caninos con diabetes mellitus es diferente al de los controles sanos. Así, realizamos secuenciación dirigida de 16S rRNA y un análisis bioinformático integral para comparar los perfiles del microbioma intestinal de 16 perros diabéticos con los de 32 perros sanos. Se encontró que y estaban enriquecidos en perros diabéticos. Se observó un cambio distinto hacia las vías metabólicas de degradación de carbohidratos que eran diferencialmente abundantes en los sujetos diabéticos. También fue evidente la alteración de la red de co-ocurrencia en el grupo diabético. En conclusión, nuestro estudio sugiere que el paisaje microbiano intestinal difiere en los caninos diabéticos a niveles de género, especie, funcional y de red. Estos hallazgos tienen implicaciones significativas para el manejo de la enfermedad y, por lo tanto, justifican una mayor investigación.