Existe una gran brecha de conocimiento sobre la salud y la producción de las alpacas criadas en Australia y en el extranjero en lo que respecta a su microbioma. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar el microbioma fecal de las alpacas criadas en el sureste de Australia e identificar variaciones entre regiones geográficas. Se recolectaron muestras fecales de 59 alpacas hembras adultas sanas, con edades entre 15 meses y 17 años en NSW, Australia. Se identificaron los Firmicutes como los filos dominantes, seguidos por los Bacteroidota. Estos dos filos representaron el 90% de los taxones, con la abundancia acumulativa de Firmicutes y Bacteroidota que difería significativamente entre ubicaciones (< 0.05). La edad no tuvo ningún efecto en la frecuencia de los microbios identificados ni a nivel de filos ni de clases. El estado de producción de la alpaca solo afectó significativamente la abundancia de Firmicutes (= 0.0026). La caracterización del microbioma fecal de la alpaca identificada aquí es consistente con estudios previos sobre rumiantes y camélidos. Este estudio proporciona una valiosa línea base para la caracterización del microbioma de las alpacas en el sureste de Australia y puede ser utilizado como un punto de referencia para futuros estudios sobre microbiomas.