La verificación de identidades taxonómicas es de la máxima importancia en el campo del estudio y la categorización biológica. La caracterización morfo-molecular puede aclarar incertidumbres en la distinción entre grupos taxonómicos. En este estudio, caracterizamos cinco taxones locales del género utilizando marcadores morfológicos y moleculares para la autenticación taxonómica y probablemente para la mejora genética futura. Los cinco taxones cultivados bajo el clima mediterráneo mostraron variaciones utilizando rasgos morfológicos y marcadores moleculares. Los taxones examinados mostraron un amplio rango de variaciones en las características de las hojas, es decir, forma, tipo, textura, margen y ápice, así como en las características de las cipselas, es decir, forma, color y patrón de superficie. El árbol filogenético categorizó la var. y la var. en un solo grupo, mientras que la var. fue agrupada por separado. Sin embargo, la var. y la subsp. fueron clasificadas como un clúster. La varianza registrada entre clases utilizando los marcadores moleculares SCoT, ISSR y RAPD fue documentada en 34.43%, 36.62% y 40.34%, respectivamente. La autenticación utilizando herramientas moleculares demostró la utilidad de una clave dicotómica indentada, como se reveló mediante la identificación morfológica. La metodología integrada que utiliza la evaluación morfológica y molecular podría apoyar una mejor verificación y autenticación de los diversos taxones de achicoria. Parece probable que la achicoria egipcia pertenezca a la subsp. .