Los cultivos de cereales constituyen la mayor parte de las fuentes de alimento del mundo, y por lo tanto, su importancia no puede subestimarse. Los programas de mejoramiento de cultivos dependen cada vez más de marcadores genéticos moleculares de alta resolución para acelerar el proceso de mejoramiento. El desarrollo de estos marcadores se ve obstaculizado por la complejidad de algunos de los principales genomas de cultivos de cereales, así como por el tiempo y el costo requeridos. En esta revisión, abordamos los métodos actuales y futuros disponibles para la caracterización de genomas de cereales, con énfasis en enfoques más rápidos y rentables para la secuenciación del genoma y el desarrollo de marcadores para la asociación de rasgos y la selección asistida por marcadores (MAS) en programas de mejoramiento de cultivos.