El mosquito tigre asiático es una especie altamente invasiva que transmite varios arbovirus, incluyendo dengue (DENV), Zika (ZIKV) y chikungunya (CHIKV). Aunque varios estudios han identificado microARNs (miARNs) en este mosquito, es crucial extender y mejorar las anotaciones actuales con la nueva ensambladura del genoma mejorada y el aumento en el número de datos de secuenciación de pequeños ARN. Combinamos nuestros datos de secuenciación de alta profundidad y 26 conjuntos de datos públicos para reanotar los miARNs y encontramos un total de 72 nuevos miARNs maduros. Descubrimos que la expresión de los nuevos miARNs era más baja que la de los miARNs conocidos. Además, en comparación con los miARNs conocidos, los nuevos miARNs tienden a expresarse de manera específica según la etapa. Tras la infección por DENV, un total de 44 nuevos miARNs se expresaron diferencialmente, y el análisis de predicción de objetivos reveló que los genes objetivo de los miARNs estaban involucrados en el metabolismo de lípidos y el procesamiento de proteínas en el retículo endoplásmico. En conjunto, el perfil de anotación de miARNs proporcionado aquí es el más completo hasta la fecha. Creemos que esto facilitará futuras investigaciones para entender las interacciones virus-hospedador, particularmente en el papel de los miARNs.