Caracterización de microARNs y genes objetivo en subsp., var. Calcutta 4 durante la interacción con
Autores: Rego, Erica Cristina Silva; Pinheiro, Tatiana David Miranda; Fonseca, Fernando Campos de Assis; Gomes, Taísa Godoy; Costa, Erica de Castro; Bastos, Lucas Santos; Alves, Gabriel Sergio Costa; Cotta, Michelle Guitton; Amorim, Edson Perito; Ferreira, Claudia Fortes; Togawa, Roberto Coiti; Costa, Marcos Mota Do Carmo; Grynberg, Priscila; Miller, Robert Neil Gerard
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Caracterización de microARNs y genes objetivo en subsp., var. Calcutta 4 durante la interacción con
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Endógeno
MiARN
Bibliotecas de ARN pequeño
Patógeno fúngico
Respuestas inmunitarias de las plantas
Respuestas de defensa
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
Los microARN endógenos (miARN) son pequeñas ARN no codificantes que desempeñan funciones regulatorias post-transcripcionales en diversos procesos celulares, incluidas las respuestas de defensa a estrés biótico. El agente causal de la enfermedad de manchas en las hojas de Sigatoka en el plátano ( spp.) es un patógeno fúngico importante de la planta. La secuenciación Illumina HiSeq 2500 de bibliotecas de ARN pequeño derivadas de material foliar en subsp., var. Calcutta 4 (resistente) después de la inoculación con conidios fúngicos y controles no inoculados equivalentes reveló 202 miARN conservados de 30 familias de miARN junto con 24 miARN novelos predichos. Los miembros conservados incluyeron aquellos de las familias miARN156, miARN166, miARN171, miARN396, miARN167, miARN172, miARN160, miARN164, miARN168, miARN159, miARN169, miARN393, miARN535, miARN482, miARN2118 y miARN397, todos conocidos por estar involucrados en las respuestas inmunitarias de las plantas. El análisis de ontología genética (GO) de los objetivos génicos indicó términos de actividad molecular relacionados con respuestas de defensa que incluían unión de nucleótidos, actividad de oxidoreductasa y actividad de quinasa de proteínas. Los términos de procesos biológicos asociados con la defensa incluyeron respuesta a hormonas y respuesta al estrés oxidativo. La unión al ADN y la actividad de factores de transcripción también indicaron la participación de los genes objetivo de miARN en la regulación de la expresión génica durante las respuestas de defensa. Los datos de expresión de sRNA-seq para miARN y los datos de RNAseq para genes objetivo fueron validados utilizando PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) en bucle de tallo. Para los 11 miARN conservados seleccionados en función de la abundancia familiar y la conocida participación en las respuestas de defensa de las plantas, los datos revelaron una frecuente correlación negativa de expresión entre los miARN y los genes objetivo del hospedador. Este examen proporciona información novedosa sobre las respuestas de defensa del hospedador mediadas por miARN, aplicable en la ingeniería genética para el control de la enfermedad de manchas en las hojas de Sigatoka.
Descripción
Los microARN endógenos (miARN) son pequeñas ARN no codificantes que desempeñan funciones regulatorias post-transcripcionales en diversos procesos celulares, incluidas las respuestas de defensa a estrés biótico. El agente causal de la enfermedad de manchas en las hojas de Sigatoka en el plátano ( spp.) es un patógeno fúngico importante de la planta. La secuenciación Illumina HiSeq 2500 de bibliotecas de ARN pequeño derivadas de material foliar en subsp., var. Calcutta 4 (resistente) después de la inoculación con conidios fúngicos y controles no inoculados equivalentes reveló 202 miARN conservados de 30 familias de miARN junto con 24 miARN novelos predichos. Los miembros conservados incluyeron aquellos de las familias miARN156, miARN166, miARN171, miARN396, miARN167, miARN172, miARN160, miARN164, miARN168, miARN159, miARN169, miARN393, miARN535, miARN482, miARN2118 y miARN397, todos conocidos por estar involucrados en las respuestas inmunitarias de las plantas. El análisis de ontología genética (GO) de los objetivos génicos indicó términos de actividad molecular relacionados con respuestas de defensa que incluían unión de nucleótidos, actividad de oxidoreductasa y actividad de quinasa de proteínas. Los términos de procesos biológicos asociados con la defensa incluyeron respuesta a hormonas y respuesta al estrés oxidativo. La unión al ADN y la actividad de factores de transcripción también indicaron la participación de los genes objetivo de miARN en la regulación de la expresión génica durante las respuestas de defensa. Los datos de expresión de sRNA-seq para miARN y los datos de RNAseq para genes objetivo fueron validados utilizando PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) en bucle de tallo. Para los 11 miARN conservados seleccionados en función de la abundancia familiar y la conocida participación en las respuestas de defensa de las plantas, los datos revelaron una frecuente correlación negativa de expresión entre los miARN y los genes objetivo del hospedador. Este examen proporciona información novedosa sobre las respuestas de defensa del hospedador mediadas por miARN, aplicable en la ingeniería genética para el control de la enfermedad de manchas en las hojas de Sigatoka.