Se espera que las especies de plantas invasoras muestren una alta capacidad de dispersión pero bajos niveles de diversidad genética debido al efecto fundador que ocurre en cada episodio de invasión. Comprender la historia de las invasiones y los niveles de diversidad genética de tales especies es una tarea importante para planificar la gestión y la estrategia de monitoreo de estos eventos. El árbol de pimienta peruano (L.) es una especie de árbol pionera nativa de América del Sur que fue introducida en América del Norte, Europa y África, convirtiéndose en una amenaza para estos hábitats no nativos. En este estudio, informamos sobre el descubrimiento y la caracterización de 17 marcadores plastidiales (ptSSR) y siete nucleares (nSSR) basados en datos de secuenciación de genoma completo de baja cobertura adquiridos a través de secuenciación de nueva generación. Los marcadores fueron probados en 56 individuos de dos poblaciones naturales muestreadas en los biomas de Caatinga y Pampa en Brasil. Todos los loci son moderadamente a altamente polimórficos y se revelaron adecuados para el monitoreo genético de nuevas invasiones, para comprender la historia de antiguas invasiones, así como para estudios genéticos de poblaciones nativas en su rango de ocurrencia natural y de huertos establecidos con fines comerciales.