Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) son los marcadores de ADN más comúnmente utilizados en estudios de genética de poblaciones. Utilizamos la plataforma Illumina HiSeq4000 para desarrollar marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) para la almeja de Manila utilizando secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RAD-seq). Se desarrollaron con éxito ochenta y ocho marcadores SNP mediante análisis de fusión de alta resolución (HRM), con una tasa de éxito del 44%. Los marcadores SNP se analizaron para la diversidad genética en dos poblaciones de almejas. La heterocigosidad observada por locus varió de 0 a 0.9515, mientras que la heterocigosidad esperada por locus varió de 0.0629 a 0.4997. El valor de F se estimó entre -0.9643 y 1.0000. El valor global de F fue 0.1248 (< 0.001). Después de la corrección de Bonferroni, 15 loci se desviaron significativamente del equilibrio de Hardy-Weinberg (< 0.0006). Estos marcadores SNP proporcionan un recurso valioso para estudios de genética de poblaciones y conservación en esta especie de importancia comercial.