A pesar de los avances significativos en la investigación del epigenoma bovino, aún falta evidencia nueva sobre la base epigenética del desarrollo del cartílago fetal. En este estudio, se aislaron los condrocitos de tejidos de huesos largos de fetos bovinos a los 90 días. Se utilizaron el ensayo de cromatina accesible a transposasas con secuenciación de alto rendimiento (ATAC-seq) y la secuenciación del transcriptoma (RNA-seq) para caracterizar la expresión génica y el perfil de accesibilidad de la cromatina en los condrocitos bovinos. Se identificaron un total de 9686 regiones de cromatina abierta en los condrocitos fetales bovinos y el 45% de los picos se enriquecieron en las regiones promotoras. Luego, todos los picos se anotaron al gen más cercano para el análisis de Ontología Génica (GO) y el análisis de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG). Procesos relacionados con el crecimiento y el desarrollo, como el proceso de biosíntesis de amidas (GO: 0043604) y la regulación de la traducción (GO: 006417), se enriquecieron en el análisis de GO. El análisis de KEGG enriqueció la vía de señalización del procesamiento de proteínas del retículo endoplásmico, la vía de señalización de TGF-beta y la vía del ciclo celular, que están estrechamente relacionadas con la síntesis y el procesamiento de proteínas durante la proliferación celular. Los factores de transcripción (TFs) activos se enriquecieron mediante ATAC-seq y se verificaron completamente con los niveles de expresión génica obtenidos por RNA-seq. Entre los 50 principales TFs del análisis de huellas, se encontraron factores de transcripción relacionados con el desarrollo del cartílago, conocidos o potenciales, como FOS, FOSL2 y NFY. En general, nuestros datos proporcionan una base teórica para determinar más a fondo el mecanismo regulador del desarrollo del cartílago en bovinos.