Los lentivirus de rumiantes pequeños son un grupo de virus que infectan a cabras y ovejas en todo el mundo. Estos virus exhiben un grado extraordinario de variabilidad genética y antigénica que influye severamente en las características in vivo e in vitro, así como en los resultados de las pruebas diagnósticas. La cría de rumiantes pequeños es el negocio de cría animal más importante en Grecia, con un alto impacto en la economía primaria griega. Aunque la infección por SRLV y su impacto en la producción animal están bien establecidos en el país, se sabe poco sobre las cepas de SRLV circulantes y su prevalencia. El objetivo de este estudio fue caracterizar los SRLV que circulan en Grecia con un enfoque serológico y molecular combinado, utilizando la matriz de leche cruda recolectada de 60 granjas en diferentes municipios. Este estudio nos permitió estimar una seroprevalencia de alrededor del 52% a nivel de rebaño. Se identificaron los subtipos B1, B2 y A3, así como un nuevo clúster viral A. Además, el método de secuenciación de amplicones nos permitió identificar más de un subtipo viral en una muestra. Estos resultados confirman nuevamente la alta variabilidad de estos virus y destacan la importancia del monitoreo constante de la evolución viral, en particular en antígenos de interés diagnóstico.