Caracterización, Análisis del Perfil de Expresión y Predicción Funcional de la Familia de Genes en
Autores: Li, He; Wu, Chongyang; Li, Xiangyi; Xu, Junlei; Cheng, Zhanchao; Gao, Jian
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Caracterización, Análisis del Perfil de Expresión y Predicción Funcional de la Familia de Genes en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Udp-glucosa pirofosforilasa
Familia de genes
Perfilado de expresión
Predicción de estructura de proteínas
Wgcna
Enriquecimiento de kegg
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 11
Citaciones: Sin citaciones
La UDP-glucosa pirofosforilasa (UGPasa) es esencial para el metabolismo de carbohidratos, catalizando la síntesis de UDP-glucosa, un precursor para la biosíntesis de sacarosa y celulosa. Aunque los genes han sido ampliamente estudiados en plantas, sus funciones siguen siendo poco claras. Este estudio identificó y caracterizó la familia de genes utilizando datos de genoma completo y transcriptoma de , junto con datos de genoma completo de 10 especies adicionales a través de alineación de secuencias, análisis filogenético, exploración de la estructura y motivos de los genes, predicción de la estructura de proteínas y perfilado de expresión. El análisis filogenético mostró que ocho identificados se agruparon con dos en dos clados. Los análisis de estructura de genes, motivos y colinealidad indican conservación con otros bambúes. La familia de genes exhibió duplicaciones segmentales. El perfilado de expresión reveló que / se expresaron altamente en flores, mientras que otros se enriquecieron en brotes, y cañas. // se reguló significativamente a la baja durante la maduración de la caña. La predicción de la estructura de proteínas indicó dos conformaciones con sitios catalíticos en regiones de hélice desordenada. WGCNA identificó módulos de coexpresión y redes de interacción de proteínas centradas en /, mientras que el enriquecimiento de KEGG indicó sus funciones en metabolismo, transducción de señales y adaptación al estrés. El análisis de promotores identificó elementos cis-regulatorios sensibles a la luz, MeJA y ABA. Este estudio sugiere que los conservados evolutivamente exhiben coordinación mutua y expresión dinámica durante el crecimiento, proporcionando nuevas perspectivas sobre sus roles funcionales.
Descripción
La UDP-glucosa pirofosforilasa (UGPasa) es esencial para el metabolismo de carbohidratos, catalizando la síntesis de UDP-glucosa, un precursor para la biosíntesis de sacarosa y celulosa. Aunque los genes han sido ampliamente estudiados en plantas, sus funciones siguen siendo poco claras. Este estudio identificó y caracterizó la familia de genes utilizando datos de genoma completo y transcriptoma de , junto con datos de genoma completo de 10 especies adicionales a través de alineación de secuencias, análisis filogenético, exploración de la estructura y motivos de los genes, predicción de la estructura de proteínas y perfilado de expresión. El análisis filogenético mostró que ocho identificados se agruparon con dos en dos clados. Los análisis de estructura de genes, motivos y colinealidad indican conservación con otros bambúes. La familia de genes exhibió duplicaciones segmentales. El perfilado de expresión reveló que / se expresaron altamente en flores, mientras que otros se enriquecieron en brotes, y cañas. // se reguló significativamente a la baja durante la maduración de la caña. La predicción de la estructura de proteínas indicó dos conformaciones con sitios catalíticos en regiones de hélice desordenada. WGCNA identificó módulos de coexpresión y redes de interacción de proteínas centradas en /, mientras que el enriquecimiento de KEGG indicó sus funciones en metabolismo, transducción de señales y adaptación al estrés. El análisis de promotores identificó elementos cis-regulatorios sensibles a la luz, MeJA y ABA. Este estudio sugiere que los conservados evolutivamente exhiben coordinación mutua y expresión dinámica durante el crecimiento, proporcionando nuevas perspectivas sobre sus roles funcionales.