La quinoa (Willd.) es un pseudocereal andino de alto valor nutricional y notable diversidad fenotípica, reconocido como un cultivo estratégico para la seguridad alimentaria ante la creciente variabilidad climática. En este estudio, se evaluó la diversidad agromorfológica de 158 accesiones cultivadas en la región andino-amazónica de Perú con el objetivo de identificar materiales superiores para programas de conservación y mejoramiento. El experimento se llevó a cabo utilizando un diseño aumentado que incluyó tres cultivares testigos (INIA 415 Pasankalla, INIA 420 Negra Collana y Blanca Juli). La diversidad en once rasgos cualitativos se cuantificó utilizando los índices de Shannon-Weaver (H) y Nei (He), mientras que doce rasgos cuantitativos se analizaron a través de análisis de componentes principales (PCA) y agrupamiento jerárquico. Los resultados revelaron una variabilidad intra e inter-accesión sustancial, con valores de He que oscilan entre 0.21 y 0.76 y valores de H de 0.40 a 1.79, reflejando diferencias marcadas en el hábito de crecimiento, la morfología de la panoja, la pigmentación del tallo y la tolerancia a spp. Los análisis multivariantes identificaron tres grupos contrastantes y permitieron la selección de accesiones destacadas, incluyendo UNTRM-367-1149, UNTRM-367-1107, UNTRM-367-1078, UNTRM-367-1079, UNTRM-367-1081, UNTRM-367-1095 y UNTRM-367-1104, caracterizadas por su alto potencial de rendimiento, arquitectura reproductiva favorable, madurez temprana o intermedia y baja severidad de mildiu lanoso. Estas accesiones representan recursos genéticos prometedores para el desarrollo de variedades de quinoa adaptadas a entornos andino-amazónicos transicionales, contribuyendo a mejorar la productividad y resiliencia del cultivo.