Considerando el rol relevante del régimen hidrológico en la estructura y funcionamiento de las llanuras de inundación, este estudio busca caracterizar diferentes tipos de ambientes acuáticos según la biomasa del perifiton y evaluar la influencia de los niveles fluviométricos del río Paraná y otras funciones forzantes sobre la comunidad perifítica. Se analizó el perifiton (clorofila a) en 28 hábitats durante los años 2000 y 2001, en épocas de pleamar y estiaje. Ambos años se caracterizaron por la ausencia de la típica época de pleamar. El Análisis de Componentes Principales (ACP) reveló dos grupos. El primer componente se asoció positivamente con el nivel hidrométrico, la conductividad eléctrica, el pH y la transparencia, y negativamente con el nitrógeno y el fósforo totales, el carbono orgánico disuelto y la turbidez. El segundo componente separó los hábitats del río Paraná en el período de estiaje de otros ambientes, principalmente por el nivel hidrométrico y los altos valores de transparencia. La biomasa perifitica de los hábitats demostró que el mantenimiento de la integridad funcional de la llanura de inundación del Alto Paraná está estrechamente relacionado con su ciclo hidrológico.