El silenciamiento de ARN es un mecanismo antiviral innato del hospedador que actúa a través de la síntesis de pequeños ARN interferentes derivados de virus (vsiARN). Anteriormente hemos informado sobre la infección de hongos fitopatógenos por virus de plantas como el virus del mosaico del pepino (CMV) y el virus del mosaico del tabaco (TMV). Además, se ha demostrado que el silenciamiento de ARN fúngico suprime la acumulación de virus de plantas, pero las características de los vsiARN de plantas asociados con la respuesta antiviral en este hospedador no convencional siguen siendo desconocidas. Utilizando secuenciación de alto rendimiento, caracterizamos los perfiles de vsiARN en dos sistemas patogénicos de virus de ARN de plantas-hongo: la infección por CMV en un hongo fitopatógeno y la infección por TMV en un hongo fitopatógeno. Las abundancias relativas de los siARN de CMV y TMV en los respectivos hospedadores fúngicos fueron mucho más bajas que las de los respectivos hospedadores experimentales de plantas. Sin embargo, los siARN de CMV y TMV en hongos tenían características similares a las de las plantas, particularmente en sus distribuciones de tamaño, proporción de sentidos positivo y negativo, y preferencia de nucleótidos para los extremos 5 de los vsiARN. La abundancia de siARN de TMV disminuyó considerablemente en mutantes con una deleción en los genes que codifican proteínas clave para la producción de siARN y respuestas antivirales. Sin embargo, la deleción de ambos genes restauró la acumulación de siARN de TMV, lo que indica la producción de siARN independientes de -sin función antiviral en ausencia de los genes. Nuestros resultados sugieren que el silenciamiento de ARN fúngico reconoce y procesa el genoma del virus de ARN de planta invasor de manera similar a como lo hace en las plantas.