La raza Jersey es una raza de vaca que se originó en Jersey, Inglaterra, y es conocida por sus superiores capacidades de producción de leche. Esta raza se caracteriza por tener una calidad de composición de leche superior a la de las vacas Holstein, aunque su rendimiento lechero es inferior. Sin embargo, la microbiota bacteriana gastrointestinal de las vacas Jersey y Holstein sigue estando poco caracterizada. Para elucidar los mecanismos detrás de las diferencias en su rendimiento de lactancia y explorar el potencial de mejorar el rendimiento lechero a través de la modulación de la microbiota bacteriana gastrointestinal, es esencial entender la estructura de la microbiota bacteriana gastrointestinal de las dos razas en el mismo entorno de alimentación. En este estudio, empleamos la secuenciación del gen 16S rRNA para investigar la microbiota bacteriana gastrointestinal de las vacas Jersey y Holstein. Este estudio reveló que la diversidad bacteriana de la microbiota bacteriana del intestino posterior era menor que la de la microbiota bacteriana del rumen en ambas razas. Además, observamos que las regiones gastrointestinales de ambas razas de ganado Jersey y Holstein tenían bacterias específicas. En resumen, hubo heterogeneidad espacial en la microbiota bacteriana entre los tractos gastrointestinales, y se identificaron biomarcadores microbianos específicos entre las razas.