La piedra caliza en Japón exhibe patrones de distribución distintos y litologías asociadas en comparación con la piedra caliza que se encuentra en la mayoría de las otras partes del mundo. Estas diferencias reflejan entornos de deposición y procesos de formación contrastantes. Mientras que la mayoría de las piedras calizas del mundo se originan en arrecifes y su detrito depositado en plataformas continentales adyacentes a los continentes, la mayoría de las piedras calizas en Japón se derivan de arrecifes de atolón formados sobre basaltos de islas oceánicas. El resto se desarrolló como arrecifes y detrito asociado a lo largo de los márgenes de los arcos insulares subyacidos por corteza continental. En este estudio, nos referimos a los primeros como piedras calizas de arrecife oceánico acrecionado (AOR) y a los últimos como piedras calizas autóctonas de arco-plataforma (AAS). Estos dos tipos no solo difieren en origen y entorno de deposición, sino también en el desarrollo de formas de relieve kárstico, incluidos los sistemas de cuevas. Las piedras calizas AOR, ejemplificadas por la piedra caliza Akiyoshi de Akiyoshidai y el kárstico de Shikoku, parcialmente distribuidas en Seiyo (Shikoku), y las piedras calizas AAS pre-cenozoicas como la piedra caliza Torinosu de Seiyo (Shikoku) exhiben estructuras tridimensionales complejas que contrastan con varias cuevas comunes en todo el mundo. En contraste, las piedras calizas AAS cenozoicas están ejemplificadas por la piedra caliza Pleistocena de Ryukyu de la isla Okinoerabu, donde las cuevas, aunque relativamente pequeñas, se desarrollan paralelas a los planos de estratificación. Aunque difieren en escala de muchas cuevas en todo el mundo, sus estructuras fundamentales son comparables. Estas características contrastantes proporcionan nuevas perspectivas sobre la diversidad geológica y geomorfológica de las formas de relieve de piedra caliza y kársticas en Japón.