El tracto gastrointestinal de los animales contiene microbiota, formando un microecosistema complejo. Los microbios intestinales y sus metabolitos pueden regular el desarrollo de los sistemas inmunitarios innato y adaptativo del huésped. Los sistemas inmunitarios de los animales mantienen la homeostasis de la microbiota simbiótica intestinal. Sin embargo, se han publicado relativamente pocos estudios sobre reptiles, particularmente serpientes, y aún menos estudios sobre las diferentes partes de los tractos digestivos de estos animales. En este estudio, utilizamos la secuenciación del gen 16S rRNA para investigar la composición de la comunidad microbiana y la adaptabilidad en el estómago y los intestinos delgados y gruesos de Proteobacteria, Bacteroidetes y Firmicutes, que fueron los más abundantes en el estómago; Fusobacteria en el intestino delgado; y Proteobacteria, Bacteroidetes, Fusobacteria y Firmicutes en el intestino grueso. No se pudo identificar un género dominante en el estómago; sin embargo, los géneros dominantes fueron evidentes en los intestinos delgados y gruesos. El índice de diversidad microbiana fue significativamente más alto en el estómago que en los intestinos delgados y gruesos. Además, se aclaró la influencia de la estructura de la comunidad microbiana en la función a través de la predicción funcional. En conjunto, los microbios intestinales en los diferentes segmentos del tracto digestivo revelaron las características únicas del microbioma intestinal. Nuestros resultados proporcionan información sobre la relación coevolutiva entre la microbiota intestinal de los reptiles y sus huéspedes.