La presencia de bioactivos en la tuna ha sido documentada, incluyendo flavonoides y betalaínas, que son compuestos altamente inestables al procesamiento térmico. Una alternativa al procesamiento térmico de los alimentos es el uso de crioconcentración. El objetivo de este trabajo fue utilizar la crioconcentración asistida por centrifugación para obtener concentrado de tuna (L. Mill) de dos ecotipos (verde y rojo) y evaluar su impacto en el perfil de polifenoles y betalaínas. Se obtuvo y crioconcentró jugo de tuna. Se obtuvieron los parámetros del proceso de crioconcentración. El mayor rendimiento de soluto se observó para el jugo de tuna roja (0.42 +/- 0.03 kg de soluto x kg de soluto inicial), pero la eficiencia no mostró diferencias entre ecotipos (verde 51.0 +/- 7.0 vs. rojo 55.0 +/- 7.0%), parámetros fisicoquímicos (pH, acidez titulable, grados Bx), azúcares reductores o color. El mayor contenido total de fenoles (TPC) (1843 +/- 153), contenido total de flavonoides (TFC) (759 +/- 17), betanina (801.6 +/- 19) e indicaxantina (453.7 +/- 19) se observaron en el jugo de tuna roja crioconcentrada, mientras que la actividad antioxidante (ABTS, FRAP y ORAC) fue mayor en el jugo de tuna verde crioconcentrada (excepto ABTS). Las betalaínas mostraron una alta correlación con los resultados antioxidantes de ABTS, y el TPC mostró una alta correlación con los resultados de ORAC. La tecnología de crioconcentración tiene un alto potencial para procesar jugo de tuna, preservando sus bioactivos.