Las diatomeas son productores primarios importantes en ambientes marinos y de agua dulce, pero se sabe poco sobre los mecanismos de señalización que utilizan para detectar cambios en su entorno. Todos los organismos eucariotas utilizan la señalización de Ca para percibir y responder a estímulos ambientales, empleando una variedad de canales iónicos permeables al Ca para facilitar el movimiento de Ca a través de las membranas celulares. Investigamos la distribución de diferentes familias de canales de Ca en los genomas de diatomeas, en comparación con otros miembros de la línea estramenopila. Los canales de Ca de cuatro dominios activados por voltaje están presentes en algunas diatomeas céntricas, pero casi completamente ausentes en diatomeas pennadas, mientras que se encontraron canales EukCatA de un solo dominio activados por voltaje en todas las diatomeas. Los receptores de glutamato (GLRs) y los canales iónicos pentaméricos activados por ligando (pLGICs) también parecen haberse perdido en varias especies pennadas. Los canales de potencial receptor transitorio (TRP) están presentes en todas las diatomeas, pero no han experimentado la expansión significativa observada en las algas pardas. Todas las especies de diatomeas analizadas carecían del uniportador mitocondrial (MCU), un tipo de canal altamente conservado que se encuentra en muchos eucariotas, incluidas varias líneas estramenopilas. Estos resultados destacan el conjunto único de herramientas de señalización de Ca de las diatomeas e indican que las ganancias o pérdidas evolutivas de diferentes canales de Ca pueden contribuir a las diferencias en los mecanismos de señalización celular entre especies.