En China, la población de ciervos almizcleros salvajes, pertenecientes a la familia Moschidae, ha disminuido drásticamente en los últimos años debido a las actividades humanas y los cambios ambientales. Durante la década de 1990, se llevó a cabo la cría artificial de ciervos almizcleros alpinos en la montaña Xinglong, en la provincia de Gansu, China, y se exploró su conservación ex situ durante más de una década. La protección ex situ es beneficiosa para expandir la población de animales y mantener su diversidad genética; sin embargo, también puede inducir enfermedades metabólicas e infecciones parasitarias y reducir la capacidad reproductiva. La microbiota intestinal de los animales tiene un impacto considerable en el metabolismo energético del huésped y la regulación inmune, desempeñando así un papel crucial en la salud general y el éxito reproductivo del huésped. En este estudio, al comparar las diferencias en el microbioma intestinal de los ciervos almizcleros según su lugar de origen y migración, se exploraron los cambios en su microbiota intestinal y los factores que influyen para proporcionar una base teórica para monitorear el estado de salud de los ciervos almizcleros. Utilizamos tecnología de secuenciación de alto rendimiento de 16S rRNA para analizar la estructura y diversidad de la microbiota intestinal de ciervos almizcleros alpinos en Gansu (G, lugar de origen) y Sichuan (S, lugar de migración). Los resultados mostraron que las bacterias y géneros dominantes en el microbioma intestinal de los ciervos almizcleros en cautiverio eran similares en los lugares de origen y migración, pero se observaron diferencias significativas en su abundancia relativa (< 0.05). En cuanto a Firmicutes y Actinobacteria, que están relacionados con la digestión de celulosa vegetal, la abundancia relativa en el grupo G fue mayor que en el grupo S; respecto a Proteobacteria y Verrucomicrobia, que están relacionados con la ingesta de grasa y almidón, la abundancia relativa en el grupo S fue mayor que en el grupo G; la abundancia relativa de los que están relacionados con la digestibilidad de fibra fue mayor en el grupo G que en el grupo S; la abundancia relativa de patógenos condicionales fue mayor en el grupo S que en el grupo G. Los resultados del análisis de diversidad alfa y beta también mostraron diferencias significativas entre los dos grupos (< 0.05). Los índices ACE y Shannon de los ciervos almizcleros en el grupo G fueron considerablemente más altos que los del grupo S, y el índice de Simpson de los ciervos almizcleros en el grupo S fue mayor que el del grupo G, lo que indica que la abundancia y diversidad del microbioma intestinal eran mayores en los ciervos almizcleros de Gansu que en los de Sichuan. La comparación de los cambios en el microbioma intestinal de los ciervos almizcleros según el lugar de origen y migración mostró que el contenido de celulosa vegetal en la comida de los ciervos almizcleros, el contenido de grasa en el alimento concentrado y los cambios en el entorno de alimentación tienen un impacto en el microbioma intestinal. El monitoreo efectivo de la salud y la inmunidad de los ciervos almizcleros es crucial para garantizar su salud general, lo que a su vez ayudará a formular un plan de gestión científico y razonable para su conservación.