Las rosas de Damasco se utilizan ampliamente en cosméticos y farmacéuticos. Aquí, establecimos un cultivo celular en suspensión in vitro para los callos derivados de los pétalos de rosa de Damasco. Analizamos los transcriptomas de células en suspensión de rosa obtenidos en dos momentos diferentes mediante secuenciación de ARN para revelar cambios transcripcionales durante el cultivo celular en suspensión de rosa. De los 580 ARN codificantes (1.3%) altamente expresados en las células de rosa en suspensión, 68 codificaban proteínas asociadas a la pared celular. Sin embargo, la mayoría de los ARN codificados por los cloroplastos y mitocondrias no se expresan. Muchos ARN codificantes altamente expresados están involucrados en la traducción, catalizando la síntesis de péptidos en los ribosomas. Además, el proceso metabólico de amidas que produce alcaloides de origen natural fue el proceso metabólico más abundante durante la propagación de las células en suspensión de rosa. Durante la propagación de células de rosa, los ARN codificantes involucrados en la respuesta al estrés se regulaban al alza en una etapa temprana, mientras que los ARN codificantes asociados con la detoxificación y el transporte transmembrana se regulaban al alza en la etapa tardía. Utilizamos análisis de transcriptoma para revelar procesos biológicos importantes y mecanismos moleculares durante el cultivo celular en suspensión de rosa. La mayoría de los ARN no codificantes (nc) no se expresaron en las células en suspensión de rosa, pero algunos ncARN con funciones desconocidas se expresaron altamente. La expresión de ncARN y sus ARN codificantes objetivo estaba altamente correlacionada. En conjunto, revelamos procesos biológicos significativos y mecanismos moleculares que ocurren durante el cultivo celular en suspensión de rosa utilizando análisis de transcriptoma.