La coccidiosis afecta a los pollos de engorde, causando pérdidas económicas ya que los pollos infectados crecen menos eficientemente que los sanos. La coccidiosis es causada por un parásito que infecta el tracto gastrointestinal. En el estudio actual, se determinaron los cambios en las bacterias del yeyuno y el íleon tras la infección. Se tomaron muestras entre 0 y 14 días después de la infección. La infección resultó en una disminución del aumento de peso corporal, un aumento en la relación de conversión alimenticia, una morfología intestinal comprometida y niveles disminuidos de carotenoides en plasma. La composición de la microbiota se determinó secuenciando una porción del gen 16s rDNA. Los resultados indican que la infección afectó la diversidad dentro y entre las comunidades bacterianas, particularmente en el pico de la infección. En las muestras de aves infectadas, las especies de bacterias que pueden ser patógenos oportunistas eran más abundantes que en las aves sanas. En las aves no infectadas, las bacterias que producen ácidos grasos de cadena corta y están asociadas con un crecimiento mejorado eran más abundantes. Afecta la ecología del intestino delgado al interrumpir su integridad y cambia los tipos de bacterias presentes a aquellas que podrían ser patógenos oportunistas. La coccidiosis es una enfermedad gastrointestinal compleja, y comprender sus efectos en el huésped ayudará a encontrar métodos de control efectivos en el futuro.