La podredumbre de la raíz es una enfermedad transmitida por el suelo del canola y otros crucíferos causada por un parásito obligado. En el oeste de Canadá, la podredumbre de la raíz generalmente se maneja plantando cultivares resistentes, pero la aparición de patotipos que rompen la resistencia representa una amenaza importante para la producción sostenible de canola. La rizosfera y la raíz contienen microorganismos beneficiosos que pueden mejorar la salud de las plantas. En este estudio, evaluamos el efecto de dos aislados (denominados A y B) con diferentes niveles de virulencia en los microbiomas de la raíz y la rizosfera de canola resistente a la podredumbre de la raíz y susceptible a la podredumbre de la raíz. Además, se identificaron microorganismos potenciales de biocontrol basados en taxones antagonistas a la podredumbre de la raíz. Aunque ambos aislados fueron clasificados como patotipo 3A, el aislado A causó un índice de severidad de enfermedad más alto en el genotipo de canola resistente en comparación con el aislado B. El análisis de metabarcoding indicó un cambio en las comunidades bacterianas y fúngicas en respuesta a la inoculación con cualquiera de los aislados de campo. Las comunidades bacterianas y fúngicas endofíticas de la raíz respondieron a cambios en la inoculación, tipo de aislado, tiempo de muestreo y genotipo de canola. En contraste, las comunidades fúngicas asociadas con la rizosfera exhibieron diferencias significativas entre los tiempos de muestreo, mientras que las comunidades bacterianas asociadas con la rizosfera mostraron baja variabilidad.