En este estudio, utilizamos tecnologías de secuenciación de alto rendimiento (secuenciación de las regiones hipervariables V3-V4 del gen del ARNr 16S) para investigar por primera vez la microbiota de la leche cruda de oveja Latxa y los cambios bacterianos que ocurren durante la producción y maduración del queso Idiazabal. Los resultados revelaron varios géneros bacterianos no reportados previamente en leche cruda de oveja y queso, como y . Tanto el proceso de elaboración del queso como el de maduración tuvieron un impacto significativo en las comunidades bacterianas. En general, se promovió el crecimiento de bacterias lácticas (LAB) (, , , , y ), mientras que se inhibió el de bacterias no deseadas y ambientales (como y ). Sin embargo, se observaron diferencias considerables entre los productores. Es notable que las LAB iniciadoras () predominaban hasta 30 o 60 días de maduración y luego se promovió el crecimiento de LAB no iniciadoras (, , y ). Además, en algunos casos, las bacterias relacionadas con la producción de compuestos volátiles (como , y ) también mostraron una notable abundancia durante las primeras semanas de maduración. En general, los resultados de este estudio mejoran nuestra comprensión de los cambios microbianos que ocurren durante la producción y maduración de un queso derivado de leche cruda de oveja (Idiazabal) y podrían indicar que las prácticas adoptadas por los productores tienen un gran impacto en la microbiota y la calidad final de este queso.