Las grúas de corona roja consisten en dos grupos distintos: la población continental y la población insular. La población insular, localizada en Hokkaido, Japón, exhibe una diversidad genética muy baja debido a su rápida recuperación del borde de la extinción. Nuestra investigación anterior en 2018 destacó un posible emparejamiento entre un macho de la población continental, con el haplotipo Gj5, y una hembra de la población insular, con el haplotipo Gj2, en la orilla del pantano Hitominuma en el norte de Hokkaido. El presente estudio intentó desentrañar la distribución de su descendencia al examinar el complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) de esta pareja de cría mixta en comparación con muestras recolectadas de grúas en el norte y sureste de Hokkaido entre 2008 y 2022. El análisis identificó 55 tipos de MHC, incluidos 10 tipos conocidos en un conjunto de datos de 89 muestras de grúas, basándose en secuencias de aminoácidos. Se reconocieron un total de 58 tipos de MHC, basándose en secuencias de nucleótidos, ya que hubo muchos casos en los que la misma secuencia de aminoácidos tenía diferentes secuencias de nucleótidos. Los cinco tipos de ADN de MHC en el macho del pantano Hitominuma se identificaron predominantemente en ocho grúas del norte de Hokkaido y un polluelo del sureste de Hokkaido. Además, el análisis genético poblacional, basado en polimorfismos de inserción/borrado (InDel), indica una diferenciación poblacional distinta entre las regiones norte y sureste de Hokkaido. Estos resultados sugieren que las contribuciones genéticas de la población continental de grúas de corona roja ya se han integrado en las poblaciones de Hokkaido, con una influencia más pronunciada en el norte de Hokkaido.