En esta investigación, investigamos las modificaciones fisiológicas, el metabolismo de flavonoides y los sistemas antioxidantes de dos cultivares de alforfón (Moench.), Pintian y Suqiao, durante la germinación. Los resultados demostraron un aumento inicial seguido de un posterior descenso en el contenido de flavonoides de los brotes de alforfón a lo largo de la germinación. En el tercer día de germinación, se observaron las concentraciones más altas de flavonoides, alcanzando las variedades Pintian y Suqiao 996.75 y 833.98 g/g de peso fresco, respectivamente. Tanto la actividad como el nivel de expresión génica relativa de la enzima metabolizadora de flavonoides mostraron un aumento significativo en los brotes de alforfón de 3 días, lo cual estuvo fuertemente correlacionado con el contenido de flavonoides. El análisis de correlación reveló que los brotes de alforfón acumularon flavonoides al aumentar las actividades y los niveles de expresión génica de las flavonoide sintasas. La capacidad antioxidante y las actividades y perfiles de expresión génica de las enzimas antioxidantes en ambos cultivares de alforfón aumentaron notablemente después de tres días de germinación. El análisis de correlación indicó un vínculo positivo significativo entre la capacidad antioxidante y la actividad y los niveles de expresión génica de las enzimas antioxidantes, el contenido de flavonoides y el contenido total de fenoles. Esta investigación demostró que el tratamiento de germinación puede aumentar significativamente la acumulación de flavonoides y fenoles totales, mejorando así las propiedades antioxidantes de los brotes de alforfón, a pesar de las variaciones entre diferentes variedades de alforfón.