Los antibióticos se utilizan comúnmente en la producción animal para tratar o prevenir infecciones bacterianas. El tilmicosin es uno de los antibióticos ampliamente utilizados en ganado y aves de corral. Sin embargo, el uso de antibióticos plantea preocupaciones sobre el desarrollo de patógenos resistentes a los antibióticos debido a la fuerte presión de selección. Un enfoque común para mitigar el riesgo de residuos de antibióticos es implementar períodos de retiro. Sin embargo, existe un compromiso entre el tiempo de crecimiento animal y el beneficio. Por lo tanto, los métodos alternativos para reducir los residuos de antibióticos en productos animales han generado un interés significativo. En este estudio, analizamos sistemáticamente los cambios en la concentración de residuos de medicamentos en diferentes tejidos de pollos Silkie durante 40 días después del tratamiento con tilmicosin. Además, exploramos sus efectos en los parámetros bioquímicos sanguíneos durante 140 días después del tratamiento. Realizamos secuenciación de 16S rRNA para descubrir los efectos duraderos del tratamiento con tilmicosin sobre la diversidad y composición microbiana de 1 a 120 días. Finalmente, el análisis de correlación entre la microbiota y las concentraciones de residuos de antibióticos en diferentes tejidos indicó que, , y estaban fuertemente asociados con el residuo de tilmicosin.