, un hongo transmitido por semillas de alfalfa de pie (), es el patógeno más común de esta especie de planta y causa enanismo amarillo y pudrición de raíces. Aunque se ha identificado resistencia de las plantas a esta enfermedad, una mejor comprensión de la naturaleza de esta resistencia ayudará a mejorar y optimizar su implementación en la alfalfa de pie. Los efectos de en la fisiología de la alfalfa de pie fueron evaluados en un estudio de 4 semanas comparando una variedad de planta resistente, Shanxi, y una variedad susceptible, Ningxia. En la primera semana, hubo una clara disminución en la fotosíntesis (P) en las plantas inoculadas, especialmente en la variedad susceptible, pero no hubo cambios en la conductancia estomática (Sc). A partir de la segunda semana, P y Sc disminuyeron progresivamente, y se observaron lesiones significativas en los tallos simultáneamente. La eficiencia en el uso del agua (WUE) aumentó ligeramente en la segunda semana pero luego disminuyó significativamente a partir de la tercera semana. Los cambios fisiológicos observados en la variedad resistente de alfalfa de pie fueron menos dramáticos que los de la variedad susceptible. Se observaron hifas alrededor de las lesiones de inoculación de las plantas. El filtrado de cultivo (CF) indujo cambios en el pH extracelular y la conductividad, especialmente en las muestras de la variedad susceptible. Los cambios en la integridad del tejido de las plantas se correlacionaron con la disminución en P. Se extrajeron compuestos de metabolitos secundarios de las plantas y se identificaron 21 tipos de compuestos. La composición y proporción de metabolitos secundarios fueron notablemente alteradas por el patógeno, y estas diferencias pueden indicar posibles mecanismos de resistencia a la enfermedad en la alfalfa de pie.